As CPIs (Comissão Parlamentar de Inquérito) estão enquadradas na categoria de Comissões Temporárias. Estes são grupos de trabalho formados pelos parlamentares nos moldes das Comissões Permanentes mas que têm objetivos específicos e tempo determinado. A Assembleia Legislativa de Mato Grosso começa o ano de 2024 com duas CPIs em andamento.
A CPI da Telefonia Móvel e a CPI da Invasão Zero. Também fazem parte desta categoria as Comissões Especiais. No momento as Comissões Especiais instauradas na Casa de Leis são: Comissão Especial para debater o zoneamento socioeconômico ecológico; Comissão Especial para debater as concessões de rodovias estaduais e cobrança de pedágios e Comissão Especial para acompanhamento das obras que estão em andamento pela empresa Rumo Logística da Ferrovia Estadual Senador Vicente Emílio Vuolo.
